Contrôle d'exploitation agricole : les documents à présenter

Lors d'un contrôle, une exploitation doit pouvoir présenter ses registres (traitements phytosanitaires, élevage, identification des animaux), ses documents de fertilisation en zone vulnérable, le rapport de contrôle du pulvérisateur, les certificats individuels de l'équipe et, dès le premier salarié, le document unique d'évaluation des risques. Chaque pièce a sa durée de conservation, souvent cinq ans. Le plus sûr est de les ranger dans un même dossier, tenu à jour, que toute l'équipe sait retrouver.

Qui contrôle, et sur quoi

Plusieurs contrôles coexistent, avec des contrôleurs différents :

• La conditionnalité des aides de la politique agricole commune (PAC). Elle réunit les bonnes conditions agricoles et environnementales (BCAE, au nombre de neuf) et les exigences réglementaires en matière de gestion (ERMG : environnement, santé publique, santé des végétaux, bien-être animal). Depuis 2023, une conditionnalité sociale s'y ajoute : des réfactions s'appliquent quand un manquement au droit du travail a donné lieu à une sanction. Les contrôles se font sur place ou par le suivi des surfaces en temps réel (3STR), à partir d'images satellitaires, avec analyse humaine en cas d'anomalie ; le ministère précise que seuls les exploitants de plus de 10 hectares sont contrôlés.
• Les contrôles sanitaires et phytosanitaires, qui portent sur les registres, le stockage des produits et le matériel.
• Le contrôle de la certification biologique, au moins une fois par an par l'organisme certificateur, selon l'Institut national de l'origine et de la qualité (INAO).
• L'inspection du travail, pour les exploitations qui emploient.

Le tableau des pièces

Sources : guide phytosanitaire des Chambres d'agriculture (octobre 2025), arrêtés lus sur Légifrance le 15/11/2026, service-public.fr. Le tableau ne remplace pas les textes : vérifiez les durées propres à votre situation auprès de votre chambre d'agriculture.

Les points qui reviennent

Quelques règles précises, souvent vérifiées :

• Le registre d'élevage doit porter le visa des vétérinaires intervenus et des agents de contrôle ; sa version papier paginée reste exigée pour ces mentions.
• Le pulvérisateur contrôlé reçoit une plaque autocollante. Si le contrôle est défavorable, l'appareil est immobilisé et vous avez 4 mois pour les réparations et la contre-visite. Le guide des Chambres d'agriculture mentionne une amende de cinquième classe (1 500 € au plus, 3 000 € en récidive) pour défaut de contrôle, et jusqu'à 3 % de réduction des aides PAC.
• Le registre phytosanitaire manquant ou non conforme est passible, selon le même guide, d'une amende de troisième classe jusqu'à 450 €.
• Le document unique non établi ou non mis à jour est une contravention de cinquième classe (jusqu'à 1 500 € pour une personne physique, 7 500 € pour une personne morale), d'après service-public.fr.

Ce qu'un assistant d'équipe peut faire

Le jour d'un contrôle, l'exploitant n'est pas toujours là. Un salarié ou un associé doit savoir où sont les pièces et ce qu'il peut montrer. Un assistant interne, nourri de votre classement et des textes, sert à cela :

• « Où est le rapport du pulvérisateur ? » : il indique l'emplacement du document dans votre dossier partagé.
• « Qu'est-ce que le contrôleur peut demander sur les traitements ? » : il liste les mentions du registre, d'après le guide officiel.
• « Mon Certiphyto est-il encore valable ? » : il donne la date d'échéance que vous avez saisie, et la règle de renouvellement.
• Avant un contrôle annoncé, il dresse la liste des pièces à préparer selon le type de contrôle.

Ce qu'il ne doit pas faire

• Répondre au contrôleur à la place de l'exploitant, ou commenter un constat.
• Dire qu'un manquement « ne sera pas sanctionné ». Le taux de réfaction dépend de la gravité, de l'étendue et de la répétition : seule l'administration le fixe.
• Produire un document qui n'existe pas. S'il manque une pièce, il le dit.

Pour les règles de chaque registre, voyez le registre phytosanitaire, le registre d'élevage et le plan de fumure et cahier d'enregistrement.